本地清算系统
负责本地银行间支付清算系统建设和运营，包含深圳金融结算系统、深圳财税库关行横向联网系统、深圳自助缴税系统等跨行清算系统。
深港电子支票系统
2016年6月30日，中国人民银行批准同意深圳开通香港电子支票托收业务。通过深港两地结算公司和商业银行的共同合作，由深圳金融电子结算中心建设的深港电子支票系统顺利投产上线。深圳收款人通过网络途径接收香港付款人签发的电子支票，并通过深圳金融结算中心官网链接登录“深圳存票网站”，上传支票，即可足不出户，自助办理支票托收业务。
较之纸质支票联合结算，电子支票联合结算实现了支票签发、传递、托收、清算与结算全流程电子化，打破了时间、地域和气候的限制，真正实现了深港间票据同城结算，大大提高了跨境资金使用效率，便利了两地经贸往来，成为深港票据联合结算发展进程的重要里程碑。
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